Adquirió el título de basílica el 14 de julio de 2009 según reconocimiento por el papa Benedicto XVI el 8 de octubre de 2008.
El templo se encuentra en la esquina de las calles Belgrano y Lavalle.
La iglesia de San Francisco fue la primera construcción levantada por los franciscanos entre 1611 y 1618. Como la mayoría de las edificaciones realizadas en adobe, fue sometida a varias reconstrucciones. El templo actual presenta una torre de cuatro cuerpos con una imagen de San Francisco en la cima y una fachada de dos pisos Del interior, compuesto por tres naves, con crucero y una cúpula octoganal, se destaca el púlpito.
El moderno templo de los franciscanos, en la capital jujeña, fue reconstruído en 1927 en el espacio que ocupaba la antigua iglesia de la orden en los años de la colonia española. Edificada en un estilo de corte italiano, en el que se combinan elementos barrocos y neomanieristas, posee una exquisita ornamentación interior y alberga un museo de arte sacro (1599) en uno de sus laterales.