Los primeros datos de esta región se remontan al año 1623, cuando el Teniente de Gobernador de Jujuy Martín de Ledesma Valderrama se abocó a la tarea de preparar su expedición al interior del gran Chaco Gualamba, organizando para ello una columna de cien españoles a los que se sumó una cantidad no conocida de indios domésticos lenguaraces y baqueanos, fundando un fuerte a mediados de 1625 y se mantuvo por los menos hasta fines de 1630, no descartándose que subsistiera hasta 1632, siendo sorpresivamente atacado por indígenas de la región.
Gregorio de Zegada inició la fabricación de azúcar en 1778 en su hacienda de Calilegua, debido a condiciones climáticas aptas para el desarrollo pleno de la caña de azúcar. En 1826 ya figura el cultivo de la caña de azúcar en archivo de la Provincia.
El 28 de diciembre de 1899 fue fundado por ley del gobierno de la Provincia de Jujuy el Pueblo Ledesma, sobre una zona donada por los propietarios del Ingenio Ledesma. Dos años después de aquella fundación se hizo el trazado y la subdivisión de las ocho manzanas que rodeaban la plaza.
En 1906 llega el ferrocarril, iniciándose así un auge económico que se vio fortalecido con la llegada de los primeros inmigrantes libaneses y sirios.
En el año 1950 el pueblo tomó la actual denominación Libertador General San Martín. En época de crisis (2000-2001) Libertador se vio envuelta en quizás el saqueo más grande de su historia al atacar ferozmente un gran supermercado. En la actualidad, ostenta una serie de centros turísticos importantes y otros en desarrollo, que cumplen diferentes roles en función de los servicios y atractivos a los cuales sirven. Además Libertador es cuna de grande personajes tantos deportivos como literarios y artísticos como por ejemplo Ariel Ortega, "el pulga" Alderete y Marcos Gutierres y sus nueva promesa, como Moises Flores, Diego Quiñones, Joaquín Nieva, etc.
