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En 1690, se inaugura la Capilla de San Francisco, de líneas arquitectónicas sencillas. El interior está amoblado con púlpito, altares y retablos dorados con laminillas de oro. El templo es de una sola nave con una techumbre sostenida por postes de madera de quebracho. Los altares son de factura cuzqueña en estilo churrigueresco peruano cubiertos de panes de oro. El altar mayor está presidido por una imagen peruana de la Virgen del Rosario, cuyas vestimentas bordadas de gala, son cambiadas por las mujeres del pueblo. Se encuentra flaqueada por dos imágenes de San Francisco de Asís y San Juan Bautista.
El sagrario es de madera dorada con aplicaciones de espejos, y al ser abierto, la luz natural atraviesa su interior a través de una placa traslúcida de ónix blanco. Al pie del altar se encuentra un túnel trasversal, que se supone, era la cripta para la sepultura de los marqueses, quienes por su carácter de fundadores del templo, poseían el derecho eclesiástico de ser sepultados al pie del altar mayor. Se supone, que los restos de los tres marqueses se encuentran sepultados bajo algún sector del pavimento del templo, para evitar profanaciones durante las guerras de la independencia. Anexa al templo se encuentra, "la Capilla de las Ánimas" destinada a servir como capilla funeraria de la familia de los marqueses. Su altar posee una magnífica crucifixión tallada en madera, integrada por Cristo en la cruz, la Virgen María y San Juan. En las paredes se encuentran dos mágnificas pinturas del maestro cuzqueño Matías Pizarro.
