Asiento del único marquesado que se creara en el territorio de lo que sería luego la República Argentina y el sur de Bolivia era un paso obligado para el descanso del tránsito entre el Río de la Plata y las minas del Potosí. Su importancia creció gracias al tráfico comercial y de viajeros entre el Río de la Plata y el Alto Perú a partir del establecimiento en la localidad de una de las cabeceras principales del Marquesado del Valle de Tojo, cuyo centro económico estaba orientado hacia el actual departamento de Tarija y la zona de influencia de la región minera del Altiplano.
En 1680 fue consagrada la actual Iglesia de San Francisco, cuya construcción fue iniciada por los herederos de Bernardo de Ovando. Uno de ellos, Juan José Fernández Campero de Herrera , primer Marqués del Valle del Tojo, dotó al templo de los retablos y pinturas que actualmente pueden observarse, y que fueron especialmente traídas desde el Alto Perú para esplendor del culto y la conversión de los índigenas entregados en encomienda. Durante ese período se construyó la casa principal de la hacienda, conocida actualmente como "la Casa del Marqués" que perteneció a la Familia Fernández Campero.
Durante las Guerras por la Independencia fue escenario de numerosos combates. El IVº Marqués del Valle del Tojo, Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero, conocido popularmente como Marqués de Yavi, se sumó a la causa libertaria en 1813 como Comandante de la Puna en la llamada Guerra gaucha del general Martín Miguel de Güemes, de quién fuera coronel mayor, hasta ser derrotado en la Invasión Grande en la Batalla de Yavi el 15 de noviembre de 1816. Tomado prisionero, el Coronel Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero falleció como prisionero de los realistas cuando era trasladado a España, siendo enterrado en Jamaica en noviembre de 1820.
En el año 2010 se produce su repatriación. El viernes 09 de abril de 2010, al mediodía, se realizó una ceremonia en el atrio e interior de la Iglesia Catedral Basílica de San Salvador de Jujuy. Participaron de la formación efectivos del Ejército con banda de música, de fuerzas de seguridad provinciales, nacionales y una guardia de efectivos con uniforme histórico. Luego de invocación religiosa realizada por Monseñor Palentini se dio lectura del Acta de Constatación de ceremonia de exhumación y repatriación simbólica del Coronel Mayor Juan José Feliciano Campero. El Jefe de la Guarnición de Ejército Jujuy, Teniente Coronel Carlos Quinteros, en sus palabras de despedida, efectuó un recorrido histórico de la vida del prócer resaltando los hechos más trascendentes que lo ponen en la historia nacional y provincial.
En 1874, la finca de Yavi, que había continuado bajo el dominio de Fernando María Campero Barragán, hijo del Coronel Juan José Feliciano Alejo Férnández Campero, fue el teatro de una rebelión de índigenas levantados contra el gobierno jujeño, quienes demandaban la entrega de parcelas, luego de que las propiedades fueran declaradas fiscales. Aunque el fallo de la Corte Suprema de Justicia de la Nación en 1877, hizo lugar a las pretenciones de la Provincia de Jujuy, Yavi y sus alrededores permanecieron en poder de la familia Figueroa Campero hasta su completa división y venta en la década de 1920.
