La Iglesia de Iruya fue fundada hacia 1753 según algunas fuentes documentales. La primitiva Iglesia de las mismas dimensiones de la actual, mantenía aún muchos de los rasgos típicos de la época a comienzos de ese siglo, pero sucesivas reformas fueron despojándola de todo esto. Actualmente sólo la estructura general junto con las imágenes nos recuerdan a esa época.
La techumbre era de barro y paja en la parte exterior y el interior estaba recubierto de caña brava. El piso era de adobe de gran tamaño, sin que se sepa con certeza cuando se pintó un zócalo alrededor de la Iglesia en color azulado con dibujos de torres, pájaros y platas. Poseía como actualmente dos altares: el mayor adosado es lo que hoy es la sede.
La Iglesia sufrió varias refacciones a lo largo de los siglos. En 1926 se retiró el techo de barro y se colocó uno de zinc. En 1943 se colocó el piso actual. En los años 80 se colocó el nuevo altar y en los 90 el techo interior de machimbre. Al no conservar gran parte de la decoración original no pudo ser declarada monumento histórico provincial.
La Iglesia de San Roque y Nuestra Sra. del Rosario es la sede parroquial de Iruya, perteneciente a la prelatura de Humahuaca, creadas en 1969 por el Papa Pablo VI y encomendada a los Misioneros Claretianos de la Provincia Bética (España).
La fiesta patronal más importante es en honor de la Virgen Nuestra Señora del Rosario que se celebra el primer domingo de octubre.