San Pedro de Jujuy está situada en el sureste de Jujuy, dentro de la zona de transición entre la cordillera Oriental y las sierras Subandinas (Zapla, Santa Bárbara, Centinela), en la región Noroeste del pais.
Ubicada a 598 m sobre el nivel del mar, en el valle formado por el río Grande de Jujuy y sus afluentes, que luego forman el río San Francisco, afluente del río Bermejo.
Por su ubicación y su proximidad al Trópico de Capricornio, cuenta con un clima templado a cálido, con una temperatura anual de unos 25° C, siendo sus inviernos suaves y sus veranos son cálidos y lluviosos.
A San Pedro se puede acceder por la Ruta Nacional Nº 34, que la recorre desde el sureste jujeño, y tambien por el ferrocarril que conecta Bolivia con Salta.
