Tilcara, al igual que otras poblaciones del norte, no tiene una fecha de fundación. Toda la Quebrada de Humahuaca estuvo poblada de asentamientos indígenas, desde la época pre-incaica. Cuando el imperio Inca llegó a la región, la zona donde hoy crece y vive el pueblo de Tilcara, perteneció al Collasuyo, como se llamó a la provincia del sur del mundo incaico. Pero esa organización no duró mucho allí, ya que apenas unos 50 años después de su establecimiento, llegaron los españoles.
Existen indicios de presencia humana en la región hace más de 10000 años. Omaguacas, uquías, fiscaras y tilcaras fueron algunas de las tribus indígenas que poblaban la zona entre los años 1000 y 1480 de nuestra era. Los españoles, encabezados por el capitán Francisco de Argañaraz y Murguía, lograron vencer la resistencia de los aborígenes recién en 1598. Después de la conquista, estos pueblos fueron sometidos al régimen de encomienda, siendo obligados a residir en un lugar determinado y a trabajar por temporadas estas se extendían de 6 meses a un año o más, luego se hacía un recambio de aborígenes; la cantidad de personas explotadas para la encomienda era estipulada por los encomenderos españoles. El rango de edades para cumplir las encomiendas era de mayores de 16 hasta 50 años.
